Công ty Cổ phần Licogi 13 được hình thành và phát triển từ cái nôi của Tổng công ty Xây dựng và Phát triển Hạ tầng (Licogi), tiền thân là Đội thi công cơ giới số 57 sau đó phát triển thành Công trường Cơ giới 57 chuyên thi công hạ tầng các công trình phục vụ công cuộc xây dựng Xã hội chủ nghĩa tại Miền Bắc.
Được cổ phần hoá năm 2005 theo chủ trương sắp xếp lại các doanh nghiệp Nhà nước, chỉ sau sáu tháng quyết liệt triển khai phương án cổ phần, ngày 10/6/2005 là thời điểm đánh dấu sự thay đổi cơ chế quản lý của Licogi 13, từ doanh nghiệp Nhà nước trở thành Công ty cổ phần hoạt động theo Luật Doanh nghiệp với tên gọi:Công ty cổ phần Licogi 13.
Hiện nay, Licogi 13 được tổ chức theo mô hình Công ty mẹ - Công ty con, trong đó Công ty mẹ tập trung vào công tác đầu tư, quản lý, phát triển công nghệ, thị trường; Các Công ty con tổ chức sản xuất kinh doanh theo các lĩnh vực chuyên ngành như: xử lý nền móng và phần ngầm, xây dựng hạ tầng kỹ thuật, xây dựng bds các công trình công nghiệp và dân dụng, sản xuất vật liệu xây dựng và khai thác mỏ.